La Secretaría Ejecutiva del Consejo Consultivo de Ciencias se crea por decreto presidencial el 24 de enero de 1989. Es el área de soporte administrativo para la operación del Consejo y desde su creación ha mantenido sus mismas funciones y atribuciones.

Una de las funciones sustanciales de esta área es la gestión y administracesión de los recursos recibidos del Ejecutivo Federal, la SEP , para la ejecución de proyectos y actividades a ser desarrollados por el Consejo.

La Secretaría Ejecutiva ofrece las facilidades de espacio y de logística que se requieren para la operación de los trabajos del Consejo, del desarrollo de sus proyectos y actividades y del Premio México de Ciencia y Tecnología. Este papel de la Secretaría Ejecutiva posibilita el desempeño de las tareas de asesoría del CCC en materia de investigación y desarrollo experimental, así como en materia de ciencia y tecnología para el Ejecutivo Federal y para los sectores público, privado y social.

De la Secretaría Ejecutiva destacan las siguientes actividades:

• Invitar a formar parte como miembros del CCC, a todas aquellas personas que hayan recibido o reciban el Premio Nacional de Ciencias y Artes, en los campos a que se refieren las fracciones III, IV y V del artículo 44 de la Ley de Premios, Estímulos y Recompensas Civiles y que manifiesten expresamente su voluntad de participar en el Consejo.
• Llevar el registro y el seguimiento de las actividades del Consejo.
• Preparar las reuniones del consejo y levantar las actas y minutas correspondientes.
• Organizar, con la periodicidad que determine el Ejecutivo Federal, reuniones con el Presidente de la República , con los Secretarios de Estado, con el Consejo en Pleno o con grupos específicos del mismo, y con el Coordinador General del propio Consejo.
• Ejecutar y dar seguimiento a los acuerdos que se adopten en las sesiones que lleven a cabo el Consejo, los Comités o los grupos específicos de éstos, y someter a la consideración del Consejo, por medio del Coordinador General, los temas, estudios y proyectos que se relacionen con los fines y funciones del Consejo.