Pese a los esfuerzos del Estado mexicano por centralizar la gestión del agua, en 1930 todavía persistía la práctica de vender agua entre particulares.

Por ello, en 1934, el presidente Abelardo Rodríguez promovió la Ley de Aguas de Propiedad Nacional donde se señalaba que el país tenía la soberanía y dominio de sus aguas. También estipulaba  condiciones para el uso de agua en riego y abasto urbano, el lavado de atarjeas, y el aprovechamiento de la energía hidroeléctrica para el alumbrado público. Como esta ley aludía a la utilidad pública del agua, muchos presidentes municipales solicitaron  acceso al agua de otras comunidades. Para fines de la década de 1940 se crearon comisiones por acuerdo presidencial para planear el desarrollo regional y construir infraestructura hidráulica en los ríos Papaloapan, Tepalcatepec, Balsas, Lerma-Chapala-Santiago, Grijalva, Fuerte y Pánuco. En 1946 se publicó la Ley de Riegos, la cual pretendía fomentar la construcción y operación de los distritos de riego que se formasen con tierras ejidales, propiedad agrícola privada o terrenos de propiedad nacional. Para finales de 1951, los acuerdos de creación de las comisiones del Papaloapan y del Tepalcaltepec fueron sancionados por el Congreso y con ello adquirieron fuerza de ley. En los años siguientes como respuesta a la presión ejercida por diversos gobernadores estatales para ejercer directamente los presupuestos del agua, las comisiones desaparecieron.

Respecto de la administración del agua para uso doméstico, en 1928 la Secretaría de Agricultura y Fomento quedó encargada de reglamentar este tipo de concesiones y el Departamento de Salubridad Pública de dictar las disposiciones sanitarias respectivas. Además, en 1935 el Gobierno Federal emitió un reglamento donde se señalaba que el Departamento de Salubridad era el único encargado de determinar la potabilidad del agua. En 1940, Lázaro Cárdenas expidió el Reglamento de la Ley sobre Servicio Público de aguas potables del Distrito Federal y en 1947, Miguel Alemán promovió el Reglamento de la Policía Federal Hidráulica y la Ley Federal de Ingeniería Sanitaria. Esta última introdujo como obligación de la Secretaría de Recursos Hidráulicos el aprobar las obras de abastecimiento de agua potable y alcantarillado en los nuevos centros de población. En 1956, ante el atraso en el suministro de agua potable, la Ley de Cooperación para Dotación de Agua Potable estableció que el Gobierno Federal debía apoyar a los municipios en esta tarea.

En 1972 se aprobó una nueva Ley Federal de Aguas las cual buscaba unificar diversas disposiciones jurídicas al igual que regular la explotación y aprovechamiento de las aguas propiedad de la nación. Esta Ley limitó las concesiones a 50 años y - por primera vez - estableció la prioridad de los usos domésticos y urbanos sobre los agrarios e industriales. A finales de 1976, la Secretaría de Recursos Hidráulicos (creada en 1946) se fusionó con la de Agricultura y Ganadería para formar la Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos. Como parte de esta Secretaría, se formó la Subsecretaría de Infraestructura Hidráulica con la función de desarrollar obras de riego y de abasto de agua en bloque (la que se entrega a las ciudades para su distribución). Posteriormente, al inicio de la década de los años ochenta, esta Subsecretaría adquirió la tarea de administrar el agua. En 1986 la Comisión del Plan Nacional Hidráulico se transformó en el Instituto Mexicano de Tecnología del Agua para fungir como interface entre la investigación y la aplicación del conocimiento en el sector hídrico así como para desarrollar tecnología. Mientras tanto, la Subsecretaría de Infraestructura Hidráulica, impulsó intensamente la construcción de obras en especial para la perforación de pozos (Programa Nacional de Perforación de Pozos) y el transporte masivo de agua.

En la década de 1980, la situación hídrica del país obligó a  una nueva reestructuración del sector para atender la escasez de agua, el rezago en los servicios y controlar la contaminación, aspectos todos ellos comunes en casi todo el territorio mexicano. Como solución, durante la presidencia de Carlos Salinas de Gortari se planteó descentralizar el manejo del agua, es decir retornar a la situación que se tenía durante el siglo XIX. En paralelo se buscó centralizar el manejo del agua federal en una sola institución, por lo que en 1989 se creó la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA) como un órgano desconcentrado de la SARH. La Ley Federal de Derechos, otorgó a la CONAGUA el papel de determinar los derechos fiscales por el uso de agua y por la descarga de agua residual o usada. La CONAGUA se integró con la Subsecretaría de Infraestructura Hidráulica, pero además agrupó a la Dirección General del Servicio Meteorológico Nacional, la Comisión Nacional de Aguas del Valle de México, la Comisión del lago de Texcoco, las coordinaciones regionales de infraestructura hidráulica y las residencias generales en los estados de Construcción y Operación de las delegaciones de la SARH. Más tarde, con la modificación de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, que transformó la Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología (SEDUE) en la Secretaría de Desarrollo Social (SEDESOL), la CONAGUA tomó las funciones relativas a la prevención y el control de la contaminación así como de apoyo técnico federal a la prestación de los servicios de agua potable, alcantarillado y saneamiento. Posteriormente, una nueva reestructuración del Gobierno Federal transfirió a la CONAGUA a la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) en 1994.

 
La Ley de Aguas de 1992, copiando el modelo francés, optó por ejercer en la práctica el manejo de agua por cuencas (manejo que técnicamente se hacía ya de esta manera). Este manejo supone la coordinación y  concertación entre las autoridades y los usuarios de una cuenca para administrar el agua, pero cuya aplicación se ha dificultado cuando intervienen en las cuencas diferentes entidades políticas. Además, esta ley, mediante la creación del REPDA (Registro Público de los Derechos de Agua), fortaleció el mecanismo de concesión de derechos de uso de agua y promovió la administración privada de la misma así como el mercado entre particulares de los derechos de agua únicamente previo aviso al gobierno. Previo al REPDA el registro de los usuarios de agua era incompleto, tenía muchos errores y, sobre todo, no era público. Con el REPDA se mejoró mucho el conocimiento de quién tiene el agua,  cuanta posee y para qué la usa, y pone de manifiesto cómo el gobierno dictaminó su distribución.  Entre 1995 y 1999 se pasó de un registro público de usuarios de  24,639 a 364,422, pero a partir del 2000 el registro se estancó en cerca de 410,145 usuarios.

 
Así cierra el siglo XX para el cual en sus últimos 50 años, la disponibilidad del agua disminuyó en 74% para ser de sólo 4,750 m3/hab/año. Además, la demanda de agua (municipal, agrícola e industrial) se concentró en la parte del país donde el recurso no abunda. Actualmente, en promedio contamos con 250 L por día de agua en las principales ciudades, sin embargo las desigualdades hídricas al igual que las sociales no se han abatido. La cobertura urbana es de 95% y  la rural de 70.7%;  las clases sociales altas reciben más de 600 L al día en tanto que aún hay mucha gente pobre que sólo recibe (o se hace llegar) los 5 a 10 L que se tenían en México hace dos siglos. Además, a sesenta y dos años de fundada la Comisión Nacional de Irrigación, México posee más de seis millones de hectáreas bajo riego y ocupa el sexto lugar mundial en este rubro, pero ello lo ha pagado con la sobreexplotación de los recursos, en especial del agua subterránea en el centro y norte del país. Hoy en día nos debemos cuestionar si para el México del siglo XXI queremos seguir favoreciendo la demanda de agua en sitios donde no hay el recurso, así como la existencia de una repartición inequitativa del líquido. Además, debemos reflexionar sobre como cumplir con la responsabilidad pública de los servicios de agua la cual se encuentran claramente plasmada en nuestra Constitución, y cuyo cumplimiento en países ricos explica en parte el desarrollo que tienen.